ციპროფლოქსაცინი მიეკუთვნება ქინოლონების კლასს და ავლენს ანტიბაქტერიულ მოქმედებას Enterobacter-ის, Pseudomonas aeruginosa-ს, Haemophilus influenzae-ს, Neisseria gonorrhoeae-ს, Streptococcus-ის, Legionella-ს და Staphylococcus aureus-ის მიმართ. ციპროფლოქსაცინს აქვს ფართო სპექტრის ანტიბაქტერიული აქტივობა და კარგი ბაქტერიციდული ეფექტი. თითქმის ყველა ბაქტერიის ანტიბაქტერიული აქტივობა 2-დან 4-ჯერ უფრო ძლიერია, ვიდრე ნორფლოქსაცინის და ენოქსაცინის.